Debido a su disposición Norte-Sur, el Valle de Salazar ofrece una gran variedad de paisajes. Desde las inmensidades boscosas del norte húmedo hasta la influencia del clima mediterráneo en el sur, a las puertas de las espectaculares foces prepirenaicas.

Flora

Los paisajes del Valle de Salazar se presentan en dos partes diferenciadas:

• Una de ellas dominada por el gran bosque mixto de Irati, enmarcado por cordales de cumbres despejadas como Abodi, Ori y el sector Mendizar-Okabe-Biskartze
• Otra al Sur, por las sierras de Abodi y Atuzkarratz, con tierras mixtas donde se combinan los bosques con campos de cultivo y praderíos, entre los que aparecen algunos pueblos.

En lo alto del Valle se distribuyen parcelas roturadas entre espacios boscosos dedicados al cultivo de la patata de siembra o praderas temporales. El abandono posterior de estos terrenos agroganaderos no ha permitido la recuperación del arbolado.
Al parecer, bosquetes de pino albar, aprovechando la fertilidad de los suelos que acumularon las hayas y el ganado, están permitiendo una regeneración forestal espontánea.
Como en otras manchas forestales, en este caso en mayor medida el hayedo, dominante en la cabecera del valle, se ofrece como uno de los sectores boscosos más atractivos para caminar, gracias al espacio que se abre bajo su cerrada techumbre.
En Irati, observamos presencia esporádica de ejemplares de tejo, alguno de los cuales es objeto de protección especial.
Más al Sur, ya en los extremos del Valle, se aprecian importantes quejigales, que simbolizan la transición entre las frondosas atlánticas y los carrascales mediterráneos. Sin dejar de ver las hayas en las umbrías, robles y el pino royo, otras especies como el arce, serbal y mostajo forman parte del patrimonio forestal de Salazar.
Disfrutar de la frescura, de su ambiente y su difusa luz, sentir el paso del jabalí o el corzo, ver cómo se integran en el suelo, entre la hojarasca, los viejos troncos y sentir la fuerza de la primavera o la nostalgia otoñal, son algunos de los misterios de estos bosques.

Fauna

El Valle de Salazar acoge en su variedad de ecosistemas a un gran número de especies faunísticas.

El pico dorsiblanco, el mayor de los picatroncos blanquinegros que pueden encontrarse en Navarra, tiene en Irati uno de sus últimos refugios. Se trata de una reliquia glaciar de la que, hace unos años, se le calculaba quince parejas.

El pito negro, que presenta en Navarra una población escasa, también deja oír sus trinos, en días de calma, en los bosques de Irati.
Además de estas especies en trance de desaparición, a lo largo del Valle de Salazar sobrevuelan por cumbres y barrancos, especialmente en los roquedos, los carroñeros como el quebrantahuesos, buitre, alimoche, cuervos y otras rapaces como milanos, águila real, águila culebrera, etc. También pueden verse garzas, azulones y otras aves acuáticas.
Irati tiene una nómina de veintitrés especies, entre las que cabe destacar el reyezuelo listado, el pinzón, el petirrojo, el carbonero, el garrapinos y los mirlos.

La relación de mamíferos no es menos interesante, pudiéndose oír en otoño la berrea de los ciervos y la de los corzos al inicio del verano, además de observar la huella del jabalí por doquier.
También la marta, el tejón y la ardilla son especies que habitan el Valle.